野党側は２０１５年に行われた毎月勤労統計の調査対象の入れ替えの際、数値が高く出るよう安倍首相の秘書官が働きかけたのではないかと追及した。

立憲民主党会派の大串議員は、厚労省側から調査対象の入れ替えで数値が下がると説明された秘書官が数値が高く出るよう改善しようとして問題意識を伝えたのではないかとただした。

大串議員「問題意識というのはどういう問題意識だったんだろうか」

菅長官「サンプル入れ替えによって過去に遡って数値が大幅に変わってしまう理由。専門家に意見を聞くなど実態を、適切にあらわすための改善の可能性」

大串議員「もっと（数値が）高く出るような方向への改善のために専門家の意見を聞いたほうがいいんじゃないかという問題意識だったのでは」

菅官房長官は、２０１５年の３月末に当時の中江首相秘書官が厚労省の担当者に問題意識を伝えたことを明らかにしており、大串議員は「問題意識」を伝えたことが厚労省に影響を与えたのではないかとただした。

これについて根本厚労相は、調査対象の入れ替えによる影響については「かねてから課題となっており、改善策を検討する必要性を認識していた」と強調し、働きかけには当たらないとの認識を示した。