指定感染症に指定されると、そのウイルスによる病気について、感染症法に基づく措置を１年間、とることが可能になる。

都道府県知事が感染者に入院を勧告し、感染者が拒否した場合には強制的に入院させることができる。なお、入院や治療にかかる費用の自己負担はなく、公費で負担する。

検査前の「疑い」の段階や症状が軽い感染者を入院させるかは検討中。指定感染症に指定されると、会社や店舗などでの感染拡大を防ぐために感染者の就業制限を求めたり、家族など、感染者と接触していた人の健康状態などを調べることもできる。

指定感染症の指定は、２０１４年７月の中東呼吸器症候群（ＭＥＲＳ）以来、およそ６年ぶり。

厚生労働省は、この新型コロナウイルスによる病気について、同時に、検疫感染症にも指定する方針。検疫感染症に指定されると、日本に入国する前の人に、航空機や船の中で質問票を配って、熱やせきなどがないか記入して提出を求め、虚偽の申告をすると罰則もある。

そして、発熱などの症状がある人には、入国前にウイルス検査を行い、感染が確認された場合は、空港や港から医療機関に搬送し、入院を求める。感染していないと判明すれば入院は求めないが、念のため、２週間、朝と夕方、検温して体調変化がないかを自分で観察してもらい、体調に変化がある場合は、その人が住む地域の保健所に報告するよう求める。