JR東日本によると、追加運転するのは「新函館北斗～東京」の上り区間。3日午後7時4分に新函館北斗駅を出発し、午後11時36分に東京に着く。10両編成で普通車全車自由席。はやて546号として運転し、「新青森、盛岡、仙台、大宮、上野」に停車する。
2日に羽田空港で日本航空と海上保安庁の航空機が衝突して炎上し、羽田発着便を中心に国内線の欠航が相次いでいるため。
4日以降の追加運転については現時点で決まっていない。