３日午後６時１０分ごろ、熊本地方で震度６弱を観測する地震があった。この地震をうけて菅官房長官が午後７時前に緊急に会見を行った。

菅官房長官は会見で安倍首相から３日午後６時１３分に（１）早急に被害状況を把握すること、（２）自治体と緊密に連携し、被災者の救命・救助などの災害応急対策に全力で取り組むこと、（３）国民に避難や被害などに関する情報提供を的確に行うこと、の３点の指示があったことを明らかにした。

また、地震発生後ただちに官邸危機管理センターに官邸対策室を設置し、被害状況の把握を行っているという。

さらに菅長官は、原子力発電所に関しては現在のところ、玄海原発、川内原発ともに異常はないとの報告を受けていると明らかにした。

その上で、「揺れが大きかった地方の皆さんは、テレビ、ラジオなどの情報にも注視し、お互いに助け合い、落ち着いて行動して頂きたい」と呼びかけた。