台風２１号は多くの文化財にも被害をもたらした。

京都市北区の平野神社は桜の名所として知られ、春には多くの観光客が訪れるが、４日の台風で桜の木は倒れてしまった。また、京都府の指定文化財の拝殿は６本の柱が折れ、完全に倒壊してしまった。境内には太い木の枝が散乱し、４日の台風のすさまじさが伝わってくる。

観光名所として知られる渡月橋のヒノキ製の欄干が９０メートル近くにわたって倒れてしまった。また、京都市下京区にある西本願寺では、境内にある高さ１．５メートルの塀が、約２０メートルにわたって倒壊した。けが人はおらず、能舞台や国宝の唐門には影響はなかったという。

京都府によるとこれまでに、国や府の文化財少なくとも２５件で被害が確認されているということで、今後、観光面への影響も懸念されている。