国会では加計学園の問題をめぐり、柳瀬元首相秘書官の参考人招致が行われている。柳瀬氏は２０１５年４月を含め首相官邸で加計学園の関係者と３回、面会していたことを明らかにし、同席者に愛媛県の職員もいたかもしれないと述べた。

立憲民主党の長妻代表代行は、柳瀬氏に対して首相秘書官として加計学園以外の国家戦略特区の事業者と面会したことがあるのか追及した。

立憲民主党・長妻昭議員「自治体以外のあるいは（国家戦略特区に）公募するであろう事業者と、首相秘書官としてお会いしたということはあるんですか。官邸で」

柳瀬元首相秘書官「特にその特区の提案者ということでお会いしたことはないと思います」

長妻昭議員「加計だけじゃないですか、首相官邸で会ってるのは。総理大臣に一切、加計がこういう計画があるとか、加計と会ったことすら何にも、雑談でも含めて、何も報告しなかったということですね」

柳瀬元首相秘書官「総理にいちいち報告したことは別にこれに限らずございませんし、総理が（加計学園の計画を）どこでどう認識されたかというのは私にはちょっとわかりません」

柳瀬氏は面会について安倍首相には報告していないと強調した。

また、長妻議員は愛媛県が作成した文書にある「首相案件」という発言をただした。柳瀬氏は「安倍首相が獣医学部の新設を早急に検討していきたいと言った案件だという趣旨は申し上げたと思う」と述べた。

また、与党側が参考人とした呼んだ国家戦略特区ワーキンググループの八田座長は「安倍首相からも秘書官からも何の働きかけも受けなかった」と述べた。