長崎県では大気の状態が不安定となっていて、五島列島では５０年に１度の記録的な大雨を観測した。

　五島市と新上五島町では、気象庁のレーダー解析で１２日午前６時までの１時間に約１１０ミリの猛烈な雨を観測した。大雨の影響で佐世保市や平戸市などでがけ崩れが発生し、西海市の国道や県道が冠水のため一時全面通行止となった。また、ＪＲの長崎本線の一部や大村線で運転を見合わせ列車の遅れや運休が出ている。

　長崎市の外海地区の６８２世帯・１１９１人には避難勧告が出されていて、気象台は浸水や土砂災害に警戒を呼び掛けている。