政府から独立して政策提言などを行う「日本学術会議」が推薦した研究者６人を菅首相が任命しなかったことについて、閣議後の会見で、科学技術や学術政策を所管する萩生田文部科学相は、この件についてのコメントを避けました。

日本学術会議は内閣府の特別の機関であることから、萩生田文科相は、「会員については内閣総理大臣が任命することとされており、所管外につき、私からのお答えは差し控えさせていただきたい」と述べるにとどめました。

また、教育・科学技術の分野を所管する大臣として、人事について意見したことや考えを述べた事実はあるかと問われると「全くありません」と答えました。