統計不正問題で野党側は安倍首相の秘書官の働きかけがあったのではないかと追及した。

２０１５年に行われた毎月勤労統計の調査対象の入れ替えの際、安倍首相の秘書官が厚生労働省に問題意識を伝えたことについて、野党側は数値を高く出させるための働きかけだったのではないかと追及した。

大串議員「問題意識というのはどういう問題意識だったんでしょうか」

菅長官「サンプル入れ替えによって過去に遡って数値が大幅に変わってしまう理由。専門家の意見を聞くなど実態を、適切にあらわすための改善の可能性」

大串議員「もっと（数値が）高く出るような方向への改善のために専門家の意見を聞いたほうがいいんじゃないかという問題意識だったのでは」

根本厚労相は調査対象の入れ替えによる影響について「かねてから改善策を検討する必要性を認識していた」と強調し、働きかけには当たらないとの考えを示した。

また、「問題意識」を伝えた当時の首相秘書官である財務省の中江関税局長は野党側の追及に対し、「関税局長として出席しており所管外のことについてのお答えは差し控える」と繰り返し答弁した。