熊本県では震度６強や震度６弱などの大きな地震が相次ぎ、気象庁は、熊本県と大分県で「地震活動が非常に活発化している」としている。また、１６日夜から大雨の予報が出ていることから、さらなる土砂災害などに厳重な警戒を呼びかけている。

　１６日午前１時２５分頃の地震で震度６強を観測したのは、熊本市中央区や東区、菊池市、宇土市など、震度６弱を観測したのは、熊本市南区や北区、八代市、阿蘇市など。気象庁は、この午前１時２５分頃の地震が、１４日夜から熊本地方で起きている一連の地震の『本震』だとの見方を示した。今回、本震とされた地震は、マグニチュードが７．３と推定されていて、１９９５年の阪神・淡路大震災と同じ規模の地震が起きたことになる。

　さらに、熊本県内では、１６日未明に本震が起きて以降、震度６強の地震が１回、震度６弱の地震が２回観測されている。さらに、午前７時１１分頃には大分県由布市で震度５弱を観測するなど大分県でも地震活動が活発化している。気象庁は、「地震活動は北東方向に領域が拡大し、非常に活発化している」として、熊本県と大分県に厳重な注意を呼びかけている。

　１４日夜に一連の地震活動が始まって以降、体に感じる地震は２８７回（１６日午後３時現在）観測されている。

　また、熊本県などの九州北部では急速に発達する低気圧の影響で、１６日夜から雨脚が強まり、１７日にかけて最大１５０ミリの大雨が降るおそれがあり、ところによっては雷を伴った激しい雨が降ると予報されている。気象庁は、強い揺れを観測した地域では、「相次ぐ地震で地盤が弱まっている可能性が高い」として、大雨警報や洪水警報、土砂災害警戒情報などの発表基準を引き下げた。雨による土砂災害や家屋の倒壊などに、厳重に警戒するよう呼びかけている。