１６日未明、熊本県で震度６強を観測したマグニチュード７．３の本震を受けて、国土地理院がＧＰＳの観測データを調査した結果、震源近くにある南阿蘇村の観測点が水平方向へ南西に最大９７センチ動く地殻変動が確認されたという。また、上下方向に最大２３センチ隆起したという。

　国土地理院は、活断層の一部がずれ動いたとみている。