交通機関にも乱れが生じ、通勤や通学に影響が出ました。
ＪＲ九州は14日、安全点検を行うため、日豊本線の延岡・都城間、日南線の南宮崎・志布志間で始発から運行をとりやめ。
宮崎空港線は、始発から本数を減らして運行しました。

（利用者は）
「朝課外があるので、7時40分までに着かないといけないんですけど、間に合わなさそうです。
「どうしよう。考え中です」
「日南から高校生の娘を送ってきました。電車が止まっていたので、きょうはテストだっていうことで送ってきた。」

いずれの路線も昼前から順次、運行を再開しています。

（オカファーエニス豪アナウンサー）
「ＪＲ宮崎空港駅です。きのうの地震の影響で切符を販売する窓口のガラスが割れてしまったため、職員がお客さんへの対応に追われています」

ガラスが割れたことによる運行への影響はありませんが、ＪＲ九州では、「スポーツキャンプなどもあるため、早めに復旧させたい」としています。